В .gitignore указываются файлы, которые не должны отслеживаться. Например, какие-нибудь автогенерируемые при компиляции проекта файлы. Кроме того, игнорируются файлы, относящиеся к конфигурации idea, так как удаленный репозиторий должен быть независим от файлов локального окружения.
